Флаг разработан на основе современного герба Рыбинского района. Освоение Рыбинской земли русскими началось в XVII столетии. Активному заселению земель способствовало постройка в XVIII веке Сибирско-московского тракта. При строительстве ямщицких станций, было основано и поселение Рыбинское на реке Рыбной. В символике особым уважением пользуются символы (фигуры), которые указывают на имя владельца. На флаге Рыбинского района название отражено основной фигурой: серебряной рыбой - щукой. Голубым цветом подчёркивается особая роль водных ресурсов в жизни населения района, которая видна даже по названиям населённых пунктов - Большие Ключи, Заозёрный. Три городские короны, сквозь которые продета щука, символизируют три самостоятельных города, находящихся в границах района: Зеленогорск, Бородино и Заозёрный (башенная корона указывает на статус поселения, как города). Щука - символ силы, уверенности, скорости. Голубой цвет - символ красоты, безупречности, возвышенных устремлений, добродетели. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, благородства, мира, сотрудничества. Желтый цвет (золото) символизирует прочность, стабильность, интеллект, великодушие. | 
