Флаг разработан на основе герба. Поселок Шушенское основан в 40-х годах XVIII столетия первыми русскими землепроходцами. Место было выбрано не случайно - устье реки Шуши, впадающей в Енисей, было благоприятным местом для обороны, реки стали надежными транспортными артериями. Природа благоприятствовала развитию сельского хозяйства, ставшему основным занятием местных жителей. И сегодня поселок Шушенское - центр крупного сельскохозяйственного района. Использование на флаге зеленого цвета - символа природы, молодости, здоровья, жизненного роста, отражает сельскохозяйственную направленность развития экономики муниципального образования. Природное богатство края отражено на флаге фигурами танцующих журавлей, здесь расположены Государственный Саяно-Шушенский природный биосферный заповедник и Национальный парк "Шушенский бор". Журавли издавна считаются символом благополучия, поскольку обитают только в спокойной и миролюбивой обстановке. Одним из любимых мест шушенцев стало место Журавлиная горка - местная природная достопримечательность. Трехгорье напоминает о том, что поселок расположен в предгорьях Западных Саян - горной стране на юге Сибири. С 1920-х годов Шушенское получило широкую известность, как место трёхлетней (1897-1900 гг.) сибирской ссылки В.И. Ленина, в 1930 году здесь был открыт музей-Дом-музей В.И. Ленина, который впоследствии был преобразован сначала в музей-заповедник "Сибирская ссылка В.И. Ленина", а позже в историко-этнографический музей-заповедник "Шушенское". На флаге это символически отображено стилизованной красной звездой. Красный цвет - символ труда, мужества, силы, красоты и праздника. Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, солнечного света, уважения и интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты и совершенства, мира и взаимопонимания. | 
