Флаг городского поселения Зеленоборский составлен на основе герба городского поселения Зеленоборский и повторяет его символику. В 50-е годы XX века в устье реки Ковды началось строительство Княжегубской ГЭС. Поскольку сама Ковда имела значительную протяженность (естественное русло, проложенное в скальных породах, имело много поворотов) и потому малый напор воды, было принято решение о строительстве искусственного 4-х километрового канала, спрямившего путь от Ковдозера (Княжегубского водохранилища) до Белого моря. За счет этого "прорыва", на короткой дистанции нового русла, был достигнут большой перепад высот, необходимый для эффективной работы ГЭС. Поселок энергетиков вырос посреди зеленого бора на берегу Кандалакшского залива Белого моря. Фигуры герба символически представляют основные особенности поселения: - зеленая ель, полугласно указывающие на название поселка и всего поселения, а так же аллегорически показывает Нотозерский леспромхоз и Ковдорский лесхоз; - синие края со скошенным верхом символизируют потоки падающей воды с верхнего бьефа Княжегубской ГЭС; - красная полоса - символизирует энергию, вырабатываемую ГЭС; - чайка и лазоревая оконечность символизирует расположение поселения на берегу Кандалакшского залива Белого моря и близость Кандалакшского государственного природного заповедника. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Зеленый цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду. Синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения. Красный цвет (червлень) - символизирует энергию, мужество, жизненную силу, красоту и праздник. | 
