Флаг Белогорского муниципального округа разработан на основе герба Белогорского муниципального округа и повторяет его символику, где языком геральдических символов и аллегорий отражены особенности его местности, история, основной вид деятельности местного населения. Полотнище разделено на три горизонтальные части: зеленую, белую (серебряную) и синею (лазоревую). Три желтые (золотые) звезды в зеленой полосе показывают принадлежность района к Амурской области, в гербе которой изображены такие же звезды. Символика звезды - символ православной христианской веры, изначальной преемственности великой русской истории, устремлённость в будущее, надежда на покровительство высших сил. Главные фигуры флага два соболя, как бы оберегающих пшеничный сноп. Соболь традиционный геральдический символ Сибири и Дальнего Востока начиная с XVII века. Это символ ума, силы, ловкости и целеустремленности в достижении поставленной цели. Символ геральдического соболя исторически и лингвистически обоснован, на территории Белогорского муниципального округа: толкование символа соболя - Лексема "кунгку" - сезонное эвенкийское обозначение соболя, Два притока, впадающих с левой стороны в русло реки Томь, (Большой и Малый Кунгуль), в переводе с эвенкийского языка, имеют обозначение "соболиные реки", Пшеничный сноп символ, означающий собирательность и единение людей, в достижении общей благородной цели. Это стремление людей в достижении достатка, благополучия и процветания родной земли. Пшеница так же характеризует сельскохозяйственную направленность Белогорского муниципального округа. Полосы в нижней части флага символизирует приречную территориальную расположенность Белогорского муниципального округа. Толкование трех волнистых частей оконечности герба как "Трехречье". Изначальное историческое название Белогорского муниципального округа (ранее района) - Томская волость, от названия реки Томь, вдоль которой и располагались основные исторические административные границы волости: волнистая широкая часть синей (лазоревой) полосы символизирует реку Томь, в переводе с кетского языка сибирских палеоазиатов "тоом" означает темная. белая (серебряная) волнистая узкая полоса - гласно символизирует реку Белая. синяя (лазоревая) волнистая узкая полоса, завершающая нижнюю часть флага, - символ реки Зея, название которой произошло от слов "джи, джэ", в переводе с тунгусо-маньчжурского языка имеет значение - "лезвие". Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику: Белый цвет (серебро) символ простоты, совершенства, человеческой добродетели, чистоты помыслов, намерений и поступков, благородства, мира и взаимного сотрудничества. Желтый цвет (золото) - символ прочности, постоянства, величия, силы, великодушия, богатства и урожая. Зелёный цвет - символ роста, надежды, плодородия, природы и здоровья. Синий (лазоревый) цвет символ возвышенных устремлений и неба, целомудрия, верности и духовности. Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность и вечность бытия. | 
