Флаг Ельнинского муниципального округа составлен на основании герба Ельнинского муниципального округа и повторяет его символику. Основой герба Ельнинского муниципального округа является исторический герб города Ельня Смоленского наместничества, Высочайше утвержденный 10 октября 1780 года (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: «Въ верхней части щита гербъ Смоленскiй: въ серебряномъ пол?, черная пушка, на золотомъ лафет?, а на пушк? райская птица. Въ нижней – три дерева ели въ б?ломъ пол?, означающiя имя сего города». Дополняет ели (гласные фигуры герба, означающие имя Ельнинского муниципального округа) – красная (червленая) полоса вдоль верхнего края полотнища, аллегорически отражая событие Великой Отечественной войны 1941-1945 годов – Ельнинскую операцию. Здесь, с середины июля 1941 года, около полутора месяцев шли оборонительные бои с немецко-фашистскими захватчиками. К концу августа, Ставкой Верховного Главнокомандования было принято решение о наступлении силами Резервного фронта, которым командовал генерал армии Г.К. Жуков. Ельнинская операция – наступление Красной Армии продолжалось с 30 августа по 8 сентября 1941 года. На фоне неудач и потерь начала войны, этот успех имел большое морально-политическое значение. Так, по итогам сражения за Ельнинский выступ, 18 сентября 1941 года приказом Наркома обороны СССР И.В. Сталина № 308 в Красной Армии была учреждена советская гвардия. Использования темы исторического герба города Ельни для символики современного Ельнинского муниципального округа подчеркивает историческую, культурную и геральдическую преемственность, неразрывную связь многих поколений жителей муниципального округа, показывает внимательное отношение к своему наследию. Примененные во флаге цвета и металлы дополняют символику герба: – белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания; – зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, развития. – красный цвет (червленый) – символ мужества, труда, жизненной силы, красоты и праздника. | 
