Флаг Муйского муниципального округа создан на основе герба Муйского муниципального округа и повторяет его символику, созданную на основе эмблемы муниципального образования «Муйский район», утвержденной Решением Совета депутатов муниципального образования «Муйский район» от 02 июня 2009 года №115. Муйский муниципальный округ (ранее муниципальное образование «Муйский район») Как район был образован 23 октября 1989 года, рожденный при строительстве Байкало-Амурской магистрали в 1970-80 –х годах. Железная дорога гербе символически показана геральдическими фигурами: черным острием и белыми (серебряными) брусками, чередующимися и подводящими к серебряной арке, основной и уникальной достопримечательности – Северомуйскому тоннелю имени В.А. Бессолова, самым длинным по протяженности железнодорожным тоннелем в России – 15343 метра. Муйский муниципальный округ, приравненный к районам Крайнего Севера, расположен на крайнем северо-востоке Бурятии. Его гористый рельеф из хребтов: Северо-Муйского, Южно-Муйского, Муяканского и Делюн-Уранского – показан заснеженными горными вершинами. Зеленый цвет – символ богатой природы, а два медведя – это в целом аллегория всего разнообразия животных на территории Муйского муниципального округа. Белой (серебряным) полосой аллегорически отражен минерально-сырьевой потенциал Муйского муниципального округа, который является одним из самых высоких в Республике Бурятия: разработка Молодежного месторождения хризотил-асбеста, Аиктинского месторождения известняков, Ультинского месторождения песков, Таксиминского месторождения строительного камня, Ключевского месторождения доломитов, Голюбинского и Буромского месторождений нефрита и других месторождений природных ресурсов. Желтый (золотой) пояс в виде меандра – одного из традиционного национального узора, подчеркивает самобытность коренного местного населения, его этнос. А его цвет образно отсылает к Кедровскому и Ирокиндинскому месторождению золота. Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику: – синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения; – зеленый цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду; – черный цвет – символ мудрости, покоя и вечности; – желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света; – белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. | 
