Флаг разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает экономические и природно-географические особенности Саяногорска. Город Саяногорск, образованный из рабочего поселка Означенное, имеет богатую историю. В окрестностях города обнаружены многочисленные археологические памятники, относящиеся к самым ранним появлениям человека на территории нашей страны. Здесь также обнаружены памятники эпохи Великого переселения народов, раннего средневековья. Планомерное заселение этого края началось в XVIII столетии, а своим образованием и развитием город в основном обязан экономическим событиям середины ХХ века. Строительство Саяно-Шушенской ГЭС позволило создать Саянский промышленный узел - комплекс крупных промышленных предприятий. На флаге города градообразующая роль ГЭС отражена аллегорическим изображением плотины. Три серебряных бруска - формы для отливки алюминия указывают на Саяногорский алюминиевый завод, самый современный из российских алюминиевых заводов - второе градообразующее предприятие. Волнистые полосы символизирует расположение Саяногорска на реке Енисей. Зеленая вертикальная полоса поверх желтого поля указывает на расположение города на границе таежной и степной природно-климатических зон. Желтое полотнище флага образно указывает на богатство земель окружающих город: с давних времен известно месторождение Саянского мрамора, еще в XVIII столетии была разведана медная руда. Желтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения, интеллекта. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания. Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений. Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста. | 
